Pentru a înțelege impactul autocompasiunii asupra corpului nostru, trebuie să cunoaștem baza neurologică a reglării emoțiilor noastre. Cercetările fac distincție între trei sisteme de reglare a emoțiilor: sistemul de amenințare/defensivă, sistemul de stimulare și căutare de resurse, de antrenare-excitare și sistemul de liniștire, mulțumire, siguranță și conectare. Pentru simplificare, în jargonul terapiei axate pe compasiune, sistemul de apărare este numit roșu, sistemul de căutare de resurse albastru, iar sistemul de liniștire verde.
Rolul "sistemului roșu" este de a detecta rapid și de a răspunde rapid la amenințări. Acesta este sistemul nostru implicit, programat genetic și avantajos din punct de vedere evolutiv. Atunci când strămoșii noștri se confruntau cu o amenințare iminentă la adresa vieții, acest sistem era responsabil pentru răspunsul de luptă sau de fugă, atunci când juca rol de activare, și pentru răspunsul de înghețare, atunci când juca rolul de dezactivare.

În cazul unei amenințări iminente la adresa vieții și a corpului, este necesară o reacție rapidă și toată energia organismului trebuie mobilizată imediat. Pentru a face acest lucru, atenția și gândirea sunt restrânse la singurul răspuns posibil, iar procesele fiziologice care nu sunt necesare pentru a scăpa sunt încetinite sau oprite. Sistemul roșu este responsabil de amigdala și de axa hipotalamo-hipofizo-suprarenală (HPA) și este legat de funcționarea creierului reptilian, care este deja prezent la reptile. Adrenalina joacă un rol important în acest proces. Principalele emoții evocate de sistemul roșu sunt furia, anxietatea, frica, rușinea și dezgustul.
"Sistemul albastru" este responsabil de evocarea emoțiilor plăcute, cu scopul de a ne motiva și de a ne încuraja să dobândim resursele de care avem nevoie pentru a supraviețui și a prospera. Acesta implică sistemul dopaminergic al creierului. Emoțiile pe care le evocă sunt entuziasmul și vitalitatea. Este responsabilă de stima de sine.
Funcționarea sistemelor albastru și roșu sunt strâns legate între ele.
Atunci când ne străduim să ne atingem obiectivele, sistemul albastru ne determină emoțiile. În procesul de luptă, acesta ne oferă entuziasm și, atunci când reușim, joacă un rol în emoțiile plăcute asociate cu stima de sine pozitivă. Cu toate acestea, atunci când întâlnim obstacole care ne împiedică să ne atingem obiectivele, percepem acest lucru ca pe o amenințare și se activează sistemul roșu.

Un alt exemplu al modului în care cele două sisteme sunt strâns interconectate apare atunci când trăim emoții neplăcute, reglementate de sistemul roșu: ne simțim triști, anxioși, nemulțumiți de noi înșine. Adesea încercăm să depășim aceste emoții neplăcute prin implicarea într-un anumit tip de activitate. Ne propunem să atingem un obiectiv, iar acest lucru activează sistemul albastru și reduce emoțiile neplăcute generate de sistemul roșu. Sistemul albastru joacă un rol important în reglarea emoțiilor și, prin urmare, în bunăstarea psihologică, dar pe termen lung poate avea consecințe dăunătoare dacă este singurul sistem pe care ne bazăm pentru a ne reduce emoțiile neplăcute. Sistemul albastru are un pericol: dacă este folosit ca unic regulator al emoțiilor neplăcute, poate duce la dezvoltarea acțiunilor de substituție și a dependențelor.
Funcționarea "sistemului verde" este legată de oxitocină. Mulțumirea pe care o induce este o formă de fericire, care apare atunci când ne simțim în siguranță și nu avem pentru ce să luptăm. Ea este diferită de o stare de amenințare scăzută, care este trăită ca plictiseală sau ca un fel de goliciune. Acest din urmă sistem joacă un rol important în compasiune, deoarece este legat de bunătate, dragoste și relații sociale. Emoțiile stârnite de sistemul verde sunt: mulțumirea, pacea, tandrețea, căldura inimii, sentimentul de libertate.
Pentru a experimenta modul în care funcționează cele trei sisteme, poate fi util să vă imaginați succesiv trei situații diferite: un conflict cu cineva, o experiență de succes și faptul de a fi acasă, într-un loc sigur, alături de cei dragi, fără a avea nimic de realizat, doar relaxându-vă în prezența lor. Putem fi atenți la emoțiile pe care le simțim, la ceea ce simțim în corpul nostru, dacă există o schimbare în ritmul cardiac, în respirație, în tonusul muscular.